Primera Fase (23/01 Y 30/01)
Llave G1: 22.01.2013 - 29.01.2013 - CA Tigre (ARG) [L] vs. Deportivo Anzoategui (VEN)
Llave G2: 23.01.2013 - 30.01.2013 - Gremio (BRA) vs. Liga de Quito (ECU) [L]
Llave G3: 24.01.2013 - 31.01.2013 - Deportes Tolima (COL) [L] vs. Cesar Vallejos (PER)
Llave G4: 24.01.2013 - 31.01.2013 - Olimpia (PAR) vs. Defensor Sporting (URU) [L]
Llave G5: 23.01.2013 - 30.01.2013 - Sao Paulo FC (BRA) [L] vs. Bolívar (BOL)
Llave G6: 22.01.2013 - 29.01.2013 - Deportes Iquique (CHI) vs. León (MEX) [L]
Segunda Fase (Grupos): (06/02 al 17/04)
Grupo 1:
12.02.2013: Nacional (URU)-Barcelona (ECU)
13.02.2013: Boca Juniors (ARG)-Toluca (MEX)
19.02.2013: Toluca (MEX)-Nacional (URU)
27.02.2013: Barcelona (ECU)-Boca Juniors (ARG)
06.03.2013: Toluca (MEX)-Barcelona (ECU)
07.03.2013: Boca Juniors (ARG)-Nacional (URU)
13.03.2013: Barcelona (ECU)-Toluca (MEX)
14.03.2013: Nacional (URU)-Boca Juniors (ARG)
03.04.2013: Boca Juniors (ARG)-Barcelona (ECU)
04.04.2013: Nacional (URU)-Toluca (MEX)
17.04.2013: Barcelona (ECU)-Nacional (URU)
17.04.2013: Toluca (MEX)-Boca Juniors (ARG)
Grupo 2:
14.02.2013: Palmeiras (BRA)-Sporting Cristal (PER)
21.02.2013: Ganador G1-Libertad (PAR)
28.02.2013: Libertad (PAR)-Palmeiras (BRA)
28.02.2013: Sporting Cristal (PER)-Ganador G1
06.03.2013: Libertad (PAR)-Sporting Cristal (PER)
06.03.2013: Ganador G1-Palmeiras (BRA)
12.03.2013: Sporting Cristal (PER)-Libertad (PAR)
02.04.2013: Palmeiras (BRA)-Ganador G1
09.04.2013: Ganador G1-Sporting Cristal (PER)
11.04.2013: Palmeiras (BRA)-Libertad (PAR)
18.04.2013: Libertad (PAR)-Ganado G1
18.04.2013: Sporting Cristal (PER)-Palmeiras (BRA)
Grupo 3:
13.02.2013: Atlético Mineiro (BRA)-Ganador G5
14.02.2013: The Strongest (BOL)-Arsenal (ARG)
26.02.2013: Arsenal (ARG)-Atlético Mineiro (BRA)
28.02.2013: Ganador G5-The Strongest (BOL)
07.03.2013: Gandor G5-Arsenal (ARG)
07.03.2013: Atlético Mineiro (BRA)-The Strongest (BOL)
13.03.2013: The Strongest (BOL)-Atlético Mineiro (BRA)
14.03.2013: Arsenal (ARG)-Ganador G5
03.04.2013: Atlético Mineiro (BRA)-Arsenal (ARG)
04.04.2013: The Strongest (BOL)-Ganador G5
17.04.2013: Arsenal (ARG)-The Strongest (BOL)
17.04.2013: Ganador G5-Atlético Mineiro (BRA)
Grupo 4:
12.02.2013: Emelec (ECU)-Vélez Sarsfield (ARG)
12.02.2013: Ganador G6-Peñarol (URU)
19.02.2013: Peñarol (URU)-Emelec (ECU)
20.02.2013: Vélez Sarsfield (ARG)-Ganador G6
26.02.2013: Peñarol (URU)-Vélez Sarsfield (ARG)
27.02.2013: Ganador G6-Emelec (ECU)
05.03.2013: Emelec (ECU)-Ganador G6
12.03.2013: Vélez Sarsfield (ARG)-Peñarol (URU)
02.04.2013: Emelec (ECU)-Peñarol (URU)
03.04.2013: Ganador G6-Vélez Sarsfield (ARG)
09.04.2013: Peñarol (URU)-Ganador G6
09.04.2013: Vélez Sarsfield (ARG)-Emelec (ECU)
Grupo 5:
19.02.2013: Millonarios (COL)-Tijuana (MEX)
20.02.2013: San José (BOL)-Corinthians (BRA)
26.02.2013: Tijuana (MEX)-San José (BOL)
27.02.2013: Corinthians (BRA)-Millonarios (COL)
06.03.2013: Tijuana (MEX)-Corinthians (BRA)
07.03.2013: Millonarios (COL)-San José (BOL)
13.03.2013: Corinthians (BRA)-Tijuana (MEX)
14.03.2013: San José (BOL)-Millonarios (COL)
03.04.2013: San José (BOL)-Tijuana (MEX)
03.04.2013: Millonarios (COL)-Corinthians (BRA)
10.04.2013: Corinthians (BRA)-San José (BOL)
10.04.2013: Tijuana (MEX)-Millonarios (COL)
Grupo 6:
13.02.2013: Real Garcilaso (PER)-Santa Fe (COL)
14.02.2013: Ganador G3-Cerro Porteño (PAR)
21.02.2013: Cerro Porteño (PAR)-Real Garcilaso (PER)
21.02.2013: Santa Fe (COL)-Ganador G3
26.02.2013: Ganador G3-Real Garcilaso (PER)
07.03.2013: Cerro Porteño (PAR)-San Fe (COL)
14.03.2013: Santa Fe (COL)-Cerro Porteño (PAR)
02.04.2013: Real Garcilaso (PER)-Ganador G3
09.04.2013: Ganador G3-San Fe (COL)
10.04.2013: Real Garcilaso (PER)-Cerro Porteño (PAR)
16.04.2013: Cerro Porteño (PAR)-Ganador G3
16.04.2013: Santa Fe (COL)-Real Garcilaso (PER)
Grupo 7:
12.02.2013: Universidad de Chile (CHI)-Dep. Lara (VEN)
14.02.2013: Newell's Old Boys (ARG)-Ganador G4
19.02.2013: Ganador G4-Universidad de Chile (CHI)
21.02.2013: Deportivo Lara (VEN)-Newell's Old Boys (ARG)
05.03.2013: Ganador G4-Deportivo Lara (VEN)
05.03.2013: Newell's Old Boys (ARG)-Univ. de Chile (VEN)
12.03.2013: Univ. de Chile (CHI)-Newell's Old Boys (ARG)
13.03.2013: Deportivo Lara (VEN)-Ganador G4
02.04.2013: Universidad de Chile (CHI)-Ganador G4
04.04.2013: Newell's Old Boys (ARG)-Deportivo Lara (VEN)
11.04.2013: Deportivo Lara (VEN)-Univ. de Chile (CHI)
11.04.2013: Ganador G4-Newell's Old Boys (ARG)
Grupo 8:
13.02.2013: Caracas FC (VEN)-Fluminense (BRA)
14.02.2013: Ganador G2-Huachipato (CHI)
20.02.2013: Huachipato (CHI)-Caracas FC (VEN)
20.02.2013: Fluminense (BRA)-Ganador G2
27.02.2013: Huachipato (CHI)-Fluminense (BRA)
05.03.2013: Ganador G2-Caracas FC (VEN)
06.03.2013: Fluminense (BRA)-Huachipato (CHI)
12.03.2013: Caracas FC (VEN)-Ganador G2
04.04.2013: Caracas FC (VEN)-Huachipato (CHI)
10.04.2013: Ganador G2-Fluminense (BRA)
18.04.2013: Huachipato (CHI)-Ganador G2
18.04.2013: Fluminense (BRA)-Caracas FC (VEN).
Tercera Fase (octavos de final) (24/04, 01/05 y 08/05)
Equipo 1 vs. Equipo 16 - A
Equipo 2 vs. Equipo 15 - B
Equipo 3 vs. Equipo 14 - C
Equipo 4 vs. Equipo 13 - D
Equipo 5 vs. Equipo 12 - E
Equipo 6 vs. Equipo 11 - F
Equipo 7 vs. Equipo 10 - G
Equipo 8 vs. Equipo 09 - H
Los 16 equipos clasificados de la Segunda Fase (8 primeros de Grupo y 8 segundos), juegan los Octavos de Final formándose en 8 llaves de dos equipos cada uno, a partidos de ida y vuelta. A fin de determinar los rivales de cada llave se realizan dos tablas de posiciones. Una entre los ocho clasificados en primer lugar en sus grupos y la segunda entre los ocho clasificados en segundo lugar en sus series.
De esa forma queda determinado un ordenamiento del 1 al 8, siendo el 1 el de mayor puntaje entre los primeros de cada grupo durante la Segunda Fase, y 8 el de menor puntaje entre los ubicados en primer lugar. En el ordenamiento de los equipos del 9 al 16, corresponde el 9 el equipo de mayor puntaje entre los segundos colocados en cada grupo y 16 el de menor puntaje entre los segundos colocados.
Cuarta Fase (cuartos de final) (15/05 y 22/05)
Equipo A vs. Equipo H - S1
Equipo B vs. Equipo G - S2
Equipo C vs. Equipo F - S3
Equipo D vs. Equipo E - S4
Quinta Fase (semifinales) (03/07 y 10/07)
Equipo S1 vs. Equipo S4 - F1
Equipo S2 vs. Equipo S3 - F2
En caso de que equipos de una misma asociación nacional lleguen a esta etapa, los mismos deben enfrentarse entre si a fin de garantizar que la final se dispute entre equipos de distintos países.
Sexta Fase (finales) (17/07 y 24/07)
Equipo F1 vs. Equipo F2
.






