Javier Zanetti fue presentado como nuevo jugador del FC Inter de Milán en junio de 1995 (u$s 6.5 millones). Debutó el 27 de agosto de ese año, por la primera fecha de la Serie A (1-0 vs Vicenza) y desde el 29 de agosto de 1999 es el capitán del equipo.
13 años después, con 4 Copas Italia, 4 Supercopas Italianas, 5 Ligas Italianas, 1 Copa UEFA, 1 Champions League y 1 Mundial de Clubes ganados, Zanetti jugó su partido número 800 con la camiseta de Inter de Milan (23.08.2012: 2-0 vs FC Vasluide, en Rumania).
El 28 de abril del 2013 se lesionó en un partido vs Palermo luego de chocar con Salvatore Aronica. La revisación médica arrojó el diagnosticó de rotura en el tendón de Aquiles. No obstante, firma un nuevo contrato con el Inter (12.06.2013). El retorno se produjo el 9 de noviembre de 2013 vs Livorno, entrando de relevo en el minuto 82, luego de 7 meses de no jugar y cumplidos sus 40 años.
A hoy (enero 2014) lleva jugados 849 partidos (21 goles) con la camiseta de Inter siendo el jugador récord nerazurro (sobre Giuseppe Bergomi), el jugador en actividad con más presencias en el fútbol italiano, el argentino con más presencias en la Serie A italiana (610) y el segundo jugador en la historia del Calcio, por detrás del italiano Paolo Maldini (647).
Es quien más veces jugó el derbi de Milán para el Inter (47 partidos) y el segundo en la historia del clásico sólo superado por Paolo Maldini (56) del AC Milán.
El 11 de mayo de 2011 se convirtió en el 14º jugador y primero de Argentina en alcanzar los 1000 partidos profesionales. Más de dos años después, ya lleva 1105 partidos profesionales jugados, alcanzando el 5º lugar histórico, por debajo de Peter Shilton (1390), Roberto Carlos (1127), Ray Clemence (1118) y Rogerio Ceni (1113).
Actualmente es el jugador argentino con más presencias en el seleccionado de fútbol de Argentina, con 145 partidos disputados y 5 goles convertidos.
